基因组测序上海南方基因科技有限公司

服务与产品

细菌/真菌全新基因组测序（de novo Genome Sequencing）

研究内容：
对全新的物种进行测序，活得精细图/完成图
基因组/Pan-基因组重测序，获得精细图/完成图
通过全基因组测序获得基因簇的完整序列
基因预测、功能注释和比较基因组学分析
多种基因预测软件和转录组信息结合，确保基因预测的准确性
多种基因功能数据库，确保基因功能，代谢途径重建的完整

技术特点：
Roche 454 GS-FLX、Solexa GA/HiSeq2000或SoLID4 不同长短序列读长完美结合
Single read、Paired-end read 和 Mate Pair-end read （3,8,20 kb插入片段）的完美整合
独特的Mate Pair-end read技术，read读长增加，配对效率高达90%以上
针对高GC的细菌（如：链霉菌、结核分枝杆菌等），先进处理方案，获得高覆盖度，高质量的基因组序列
有完整的Gap Closing流程，高效快速获得基因组的完成图
全基因组完成图的序列精确度>99.99%
高质量的生物信息学分析，内容完全满足基本和深度分析

实际应用：
应用454 GS FLX系统，已完成百种细菌/古细菌（0.8 - 10Mb）的全基因组测序
应用Solexa系统，已完成几十种细菌（包括10余株结核分枝杆菌）的精细图测序工作
已完成子囊菌和担子菌等不同亚门的10多个真菌（25 - 70Mb）的全基因组测序

发表文章：
The complete genome of Comamonas testosteroni reveals its genetic adaptations to changing environments. Appl Environ Microbiol. 2009; 75(21):6812-9.
Genome sequence of the versatile fish pathogen Edwardsiella tarda provides insights into its adaptation to broad host ranges and intracellular niches. PLoS One. 2009; 4(10):e7646.
Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum JDM1. J Bacteriol. 2009; 191(15):5020-1.
Complete genome sequence of the rifamycinSV-producing Amycolatopsis mediterranei U32 revealed its genetic characteristics in phylogeny and metabolism. Cell Research 2010; June:1-13.

转录组测序（Transcriptome Sequencing）

研究内容：
cDNA文库制备
转录组测序
序列拼装、基因预测、功能注释、代谢途径和GO分析等基本生物信息学分析
个性化生物信息学分析

技术特点：
领先的Roche 454 GS-FLX测序技术，单个磁珠（Reads）读长可达到500bp，基因预测更高效、更精确
独有的Barcoding系统，可同时进行不同时期、不同组织及不同处理样本的测序，最优化转录组数据
特殊的双链cDNA合成步骤，去除polyA对测序结果的影响
组装获得代表全长基因的EST cluster
独有的拼装软件可以检测转录本的可变剪接
高通量测序，可根据客户要求进行不同深度测序。可以检测到低丰度表达的基因

实际应用：
已完成包括人，昆虫，寄生虫，植物，鱼类和微生物等20多个不同物种的转录组测序和分析工作

客户发表文章：
Massively parallel pyrosequencing-based transcriptome analyses of small brown planthopper（Laodelphaxstriatellus），a vector insect transmitting rice stripe virus (RSV). BMC Genomics. 2010; 11:303.
Rapid transcriptome and proteome profiling of a non-model marine invertebrate, Bugula neritina. Proteomics. 2010; Jun 10.

宏基因组研究（Metagenome Sequencing）

研究内容：
宏基因组DNA深度测序
系统的基因识别和功能分析

技术特点：
进行不可培养微生物的功能研究
每条序列可代表样本中的一个基因
高通量测序，能够获得低丰度细菌的功能信息
可构建不同细菌之间协同的代谢网络

实际应用：
已完成包括沼气池，瘤胃、白蚁肠道和海洋坏境等不同样本的宏基因组测序

人类全基因组测序（Human Whole Genome Sequencing）

研究内容：
人的全基因组重测序
肿瘤样本的全基因组测序
SNPs、Indel、CNV、LOH等基因组结构变异的识别和分析

技术特点：
SOLiD4测序系统具有更高的测序精确度和通量
长达10Kb插入片段的mate-pair测序能检测多数的染色体结构变异
可以识别出1-50bp的indel

实际应用：
应用最新的SOLiD4技术平台完成了多种肿瘤全基因组测序

外显子组序列捕获及高通量测序（Exome Sequencing）

研究内容：
利用芯片捕获外显子区域
高通量的外显子序列测序

技术特点：
每次实验仅需少量样本基因组DNA
探索任何感兴趣区域，利用芯片可对18000个基因和550个miRNA所在区域进行研究
定向靶区域获取一致的测序覆盖率
高通量测序识别单核苷酸多态性（SNPs）及任何大小片段插入或缺失造成的突变
专门设计的肿瘤基因组外显子特异探针，富含promoter区域
独特的建库技术，降低冗余度及PCR扩展偏好与误差
综合NimbleGene Sequcence Capture 2.1M Human Exome Array和Agilent SureSelect Exome Array两种技术的优点

实际应用：
已完成肿瘤基因组全外显子测序，90%以上碱基的序列覆盖度>10倍，80%以上碱基的序列覆盖度>20倍

微生物分子生态学研究（Microbial Phylogeny Study）

研究内容：
16s rDNA的不同可变区测序
各种环境的菌群结构分析

技术特点：
独有的Barcoding技术，只需一次测序即可同时对几百个样品进行16s rDNA可变区的检测
每个样品可获得数千条序列，有效获得样本中低丰度的细菌

实际应用：
完成包括人的肠道，口腔，皮肤等人体微生物菌群结构检测和分析
完成海洋、土壤、沼液、瘤胃、白蚁肠道等各类环境微生物菌群结构的检测和分析

客户发表文章：
Interactions between gut microbiota, host genetics and diet relevant to development of metabolic syndromes in mice. ISME Journal. 2010; 4(2):232-41
Analysis of Oral Microbiota in children with Dental Caries by PCR-DGGE and Barcoded Pyroseqeuncing. Microb Ecol. 2010; July 8

小RNA测序（Small RNA Sequencing）

研究内容：
将18-30nt范围的小RNA从总RNA中分离
利用独有的Adaptor对小RNA测序
生物信息学对小RNA鉴定和测序

技术特点：
用时短、通量高，每个样本至少可获得百万、千万条的序列
利用Illumina Solexa GA对小RNA大规模测序分析，获得全基因组水平miRNA图谱，实现全新miRNA分子识别，靶基因预测、样品间差异表达分析和表达谱分析等科学应用

传统毛细管测序（Sanger-Method Sequencing）

南方基因提供高效、快速、优质、低成本的毛细管测序技术平台-3730xl测序方案
大规模Plasmid，Fosmid/Cosmid和BAC克隆末端测序
大规模Plasmid，Fosmid/Cosmid和BAC克隆完全测序
大规模PCR产物纯化和测序