背景

在人类癌症研究中，FFPE样本蕴藏着大量有用的信息。由于这些样本逐渐地会产生大量的被降解了的DNA，而这些成分在绝大多数全基因组分型实验中表现不好。

一、基本流程：

说明

先用适当的商业化DNA纯化试剂盒提取FFPE样本的DNA，再用 Infinium HD FFPE QC Kit 评估DNA样本的质量，从而决定其是否合格可用。该QC试剂盒提供了做real-time PCR 检测的引物，使用大部分生物实验室都有的标准设备即可以完成质检工作。通过质量控制评估的样本即可进入DNA 修复环节。经过两步简单的酶反应，Infinium HD DNA Restoration Kit 就可以修复被降解了的FFPE-DNA，然后用于优化过的全基因组扩增反应步骤。

二、处理结果：

总体来看，超过80%通过质检的FFPE样本都成功得到了修复，最后分型成功。

如图所示通过三重real-time定量 PCR分析130个质量不一的FFPE样本和对照DNA(每个2ng)，分别测出这些经过修复样本的Ct 值，扣除对照DNA的平均Ct后得到DeltaCt，将其与在Infinium HD芯片上的可读率（call rate）做成散点图。从图中可以看出80% Delta Ct 值小于6的样本分型成功（橘黄色框里）。鉴于样本储存年限（1-35年）和来源的不同，QC的通过率位于35%-90%之间。总体来说，年限小于15年的样本基本都能被成功修复。

FFPE样本的DNA经过修复后，可用以下两款芯片试剂盒进行分析：

1. HumanCyto SNP_FFPE-12 >250K

2. HumanOmini Express_FFPE-12 >600K

这些芯片在marker 的选择上选用了tag SNPs，从而实现了更大的基因组覆盖率，甚至还可以检测出DNA结构上的变异，及时为研究者提供对照组与实验组在染色体结构上的差别信息。Omini Express芯片提供了97%的癌症基因的覆盖率（从Sanger Cancer Genome project 所得数据）。