简介：

福尔马林浸泡处理石蜡包被的人类组织样本目前是分子层面及临床研究的重要样本来源。Illumina充分认识到了这些样本的价值，它们对表观遗传研究有着巨大贡献，在DNA甲基化研究中扮演着重要角色。尽管癌症表观遗传学方面的研究日趋增多，但FFPE样本的真正价值还没有全部体现出来。

这篇技术文章报道了在美国国家癌症研究中心（the National Cancer Institute），研究者利用Illumina GoldenGate Assay for Methylation 这一产品对FFPE-DNA样本进行甲基化检测分析；试验中还用到了Illumina Methylation Cancer Panel I 同时检测了96个样本的1,505个位于CpG岛的位点，涵盖了800多个与癌症相关的基因。

一、实验简述：

所有实验样本都经过FFPE样本制备过程处理，DNA再经过EZ-96 DNA Methylation Gold Kit（zymo research）处理。所有经亚硫酸盐转化后的样本由OliGreen(Invitrogen)来定量并标化到实验要求的样本量。
研究者还将FFPE淋巴样本分为新鲜样本（fresh）与冷冻样本（frozen）两组，进行实验比较，结果基本一致。相关系数（r2）达到0.973。.

二、推荐使用GoldenGate Assay

实验提供了使用FFPE样本进行Illumina GoldenGate Assay for Methylation 实验可达到最佳效果的充分证据，按照实验流程和步骤，可以轻松地得到好的数据。

三、认识你的组织样本

DNA的产量及其后续的数据质量与组织样本的类型和储存时间直接相关。细胞数量越少的组织，样本存放时间越长，其DNA转化产量越低，相关系数越低，重复性变差。

四、准确对转化后DNA定量

某些DNA定量方法，如：紫外分光光度法，其定量的准确性会受到游离的核苷酸（free nucleotides）及RNA的影响，从而往往高估了DNA的浓度。所以该定量方法对确定GoldenGate Assay 上样量并非最好，而且在吸光度的测定过程中，可能还会有污染物干扰，导致结果不准。

使用足量的DNA上样。

五、测试你的样本

在正式实验之前非常有必要test一下，以了解样本的大致表现，做到心里有数。

六、常见问题及解答

1. 可用real-time PCR 来定量样本吗？

◆ 作为FFPE-DNA的定量，该方法不是很准，因为该方法对可扩增DNA的测定更加有效。

2. 对于Cancer Panel 不包括的一些位点可以用GoldenGate Assay for Methylation 来做吗？

◆ 可以，由客户自行设计最多达1,536个loci。

3. 可以用FFPE-DNA 来做Infinium Methylation Assay 吗？

◆ Infinium system 对于FFPE-DNA 组织样本更具敏感性。初期数据表明，小于5年的组织样本具有更高的可靠性（r2>0.95），年数更长的样本其重复性会差一点。