1、乳腺癌、各型肠癌基因表达谱与甲基化调控基因表达及功能研究：将我们拥有的研究平台，有机整合在一起，从基因表达、SNPs关联、甲基化调控等多层次系统地研究疾病基因组学，是我们正在推进的发展方向，为国家863/上海市重大项目乳腺癌、肠癌的染色体重排、早期诊断和愈后分子分型等项目所采用。在影响预后的基因表达特征谱方面取得了有重要临床价值的发现，获得了一些具有重要意义的基因标记物，为疾病机理研究和临床分子分型奠定了良好基础。全基因组表达谱结合DASL技术发现重要的肠癌相关分子标志，进行肠癌预后转归预测，筛选出了一系列可以对预后转归进行很好判断的基因。

2、北京动物所——小鼠模型的基因组表达差异。

3、不同类型肝癌样本的基因表达差异。

4、脑动脉瘤。

5、银屑病和汗孔角化症。

6、各型狼疮肾炎病人和狼疮肾炎模型小鼠的基因组表达差异。

7、难治性类风湿关节炎病人基因表达特点。

8、利用基因表达和甲基化检测技术开展科研服务，获得了一些具有重要意义的基因标记物，为疾病机理研究和临床分子分型奠定了良好基础。