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测序在生命科学研究中一直发挥着重要作用。以Sanger法（双脱氧核苷酸末端终止法）为代表的第一代测序技术帮助人们完成了从噬菌体基因组到人类基因组图谱等大量测序工作，但由于其存在成本高、速度慢、通量低等不足，并不是后基因组时代最理想的测序方法。

进入21世纪后，以Roche 454、Illumina Solexa和ABI SOLiD为代表的第二代测序技术诞生了，并迅速掀起了你追我赶的技术比拼高潮。2010年，Illunima和ABI先后发布新款测序仪，改进了原有机型，测序通量不断提升，测序成本不断降低，现在已经进入了数千美元测一个人全基因组的时代。

第二代测序技术进展

1. Roche 454测序技术

454公司可谓第二代测序技术的奠基者。2005年底，454公司推出了革命性的基于焦磷酸测序法的高通量基因组测序系统--Genome Sequencer 20 System。这一技术的建立开创了边合成边测序（sequencing by synthesis）的先河，被nature杂志以里程碑事件报道。之后，454公司被罗氏诊断公司以1.55亿美元收购。一年后，他们又推出了性能更优的第二代基因组测序系统--Genome Sequencer FLX System（GS FLX）。2008年10月，Roche 454在不改变机器的情况下，推出了全新的测序试剂--GS FLX Titanium，全面提升了测序的准确性、读长和测序通量。

目前，Roche 454 GS FLX Titanium每次运行能产生100万条序列，平均读长能达到400nt，且第400个碱基的准确率能达到99%。一次运行所需时间为10小时，能获得4-6亿个碱基的序列信息。

2. Illumina Solexa测序技术

Illumina公司的第二代测序仪最早由Solexa公司研发，利用其专利核心技术"DNA簇"和"可逆性末端终结（reversible terminator）"，实现自动化样本制备和大规模并行测序。Illumina公司于2007年初花费6亿美金巨资收购了Solexa。2010年初，Illumina将其第二代测序仪Genome Analyzer IIx升级到HiSeq 2000。

HiSeq 2000含有两张Flow cell，可同时运行或者只运行其中一张。读长为100nt，同时支持Fragment、Pair-end和Mate-Paired文库。每次运行最多可产生200 GB的数据量（读长为2x100nt）。

Solexa测序技术路线：

3. ABI SOLiD测序技术

过去20年，美国应用生物系统公司（ABI）在一代测序方面一直占据着垄断地位。第二代测序技术出现以来，ABI公司不甘落后，迅速赶上，于2007年底推出了SOLiD 第二代测序平台。2010年末又发布了最新产品--SOLiD 5500xl测序平台。从SOLiD到如今的SOLiD 5500xl，短短三年时间，连升五级，发展速度惊人。

SOLiD全称为Supported Oligo Ligation Detetion，它的独特之处在于它以四色荧光标记寡核苷酸的连续连接反应为基础，而没有采用传统的边合成边测序技术。连接反应没有DNA聚合酶合成过程中常有的错配问题，而SOLiD特有的"双色球编码技术"又提供了一个纠错机制，这样设计上的优势使得SOLiD在系统准确性上大大领先于其它平台。

目前最新款SOLiD 5500xl含有两张微流体芯片（microfluidic FlowChip），每张芯片含有6条相互独立的运行通道（run lane）。每条lane都能运行相对独立的测序反应，这样的设计使得SOLiD 5500xl测序平台极具灵活性。最大测序读长为75nt，同样支持Fragment、Pair-end和Mate-Paired文库。单次运行能得到的最大数据量为300Gb（使用最新设计的nanobeads）。测序的系统准确性能达到99.99%。

SOLiD测序技术路线：