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3. Oxford Nanopore Technologies公司

Oxford Nanopore Technologies公司正在研究的纳米孔单分子技术是一种基于电信号测序的技术。他们设计了一种以α-溶血素为材料制作的纳米孔，在孔内共价结合有分子接头环糊精。用核酸外切酶切割ssDNA时，被切下来的单个碱基会落入纳米孔，并和纳米孔内的环糊精相互作用，短暂地影响流过纳米孔的电流强度，这种电流强度的变化幅度就成为每种碱基的特征。

总结与展望

三代测序技术的原理各有特点，适用范围也不近相同。第一代测序技术凭借其长的序列片段和高的准确率，适合对新物种进行基因组长距框架的搭建以及后期GAP填补，但是成本昂贵，而且难以胜任微量DNA样品的测序工作。第二代测序技术中，454序列片段最长，比较适合对未知基因组从头测序，搭建主体结构，但是在判断连续单碱基重复区时准确度不高。Solexa较454具有通量高、片段短、价位低的特点，可以用于大基因组和小基因组的测序和重测序。Solexa双末端测序(paired-end sequencing)可以为基因组进一步拼接提供定位信息，但是随着反应轮数增加，序列长度和质量均有所下降，而且在阅读AT区时有明显错误倾向。SOLiD基于双碱基编码系统的纠错能力以及较高的测序通量，适合转录本研究以及比较基因组学特别是SNP检测等，但是测序的片段短限制了该技术在基因组拼接中的广泛应用。第三代测序技术目前正在研发阶段，尚未正式投入使用。

在实际应用中，多种测序平台的结合可以得到更好的效果。比如由于各种测序技术的错误分布并不相同,我们可以采用两种测序方法相互印证,可以解决单一测序方法无法验证SNP正确性的弊端。

2010年是高通量测序技术日渐成熟的一年，虽然尚未诞生具有革命性的测序仪，但是测序仪的性能不断改进，其同样意义重大。2006年底，美国X大奖基金会设立了基因组Archon X大奖，奖金高达1000万美元。这项大奖将颁给第一个能在10天之内，用不到100万美元的费用，完成100个人类基因组测序的民间团队。照现在的发展趋势来看，基因组Archon X大奖很快就会颁发出去了。

虽然测序技术越来越成熟，成本也越来越低，但是大量的数据存储和分析是紧接着的又一个挑战；而且，现在我们所能解释的生物学现象和机制还很有限，即使获得了基因组信息，如何去解释和应用它，仍是个长远的问题。这些问题都需要大家一起努力，共同探讨，拓展高通量测序的应用领域。

<本文作者来自上海伯豪生物技术有限公司（上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心旗下子公司，简称SBC），联系方式：guangfeng_zhang@shbiochip.com>